جایزه مصطفی(ص) با هدف شناسایی آثار برجسته دانشمندان جهان اسلام در توسعه علم و فناوری، زمینه‌سازی برای توسعه تعاملات پژوهشگران و افزایش همکاری و هم‌افزایی کشورهای اسلامی در حوزه های علم و فناوری با تأکید بر فناوری‌های پیشرفته توسط بنیاد علم و فناوری مصطفی(ص) از اوایل دهه 90 شروع به کار نموده است. چهار دوره این جایزه در سال‌های 1394، 1396، 1398 و 1400 برگزار شده است. پنجمین دوره اعطای جایزه مصطفی(ص) مهرماه سال جاری و همزمان با میلاد پیامبر رحمت برای نخستین بار خارج از تهران و در شهر تاریخی و فرهنگی اصفهان با حضور ۱۰۰۰ نفر از شخصیت های برگزیده ایرانی و جهان اسلامی، 150 مهمان از 40 کشور جهان از سیاست گذاران علم و فناوری، دانشمندان، خیرین و واقفان و ۱۵ فعال رسانه ای از کشورهای ترکیه، مالزی، الجزایر و غیره همچنین مدیران اجرایی سازمان همکاری های اسلامی و محیط زیست و سلامت برگزار شد.